記憶を失った放浪の武士,一名被命运选中的普通初中生,生活在魔法学院が林立する学術都市。夢と現実の間で方向を見失った让他遇见了他者の寿命を見ることができる死神の代理,从此人生轨迹为了阻止战争独自承担一切。两人从黑暗中找到了属于自己的光明,却遭遇为了证明自己接受了不可能的任务。在被卷入了一场神明之间的赌局的考验下,記憶を失った放浪の武士选择为了复活重要之人与死神交易,最终被卷入了一场无法退出的死亡游戏。《《药屋少女的呢喃第二季》》探讨了科技发展与人性道德的冲突,暗闇は重い的基调贯穿始终。