故事从在一次任务中失去了所有同伴开始,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉在霧に覆われた禁忌の海中被卷入了一场神明之间的赌局。国家に追われている無実の逃亡犯的出现让在最后一刻逆转了必死的局面,两人夢と現実の間で方向を見失った。然而在梦境与现实之间迷失了方向的阴影逐渐笼罩,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉必须为了复活重要之人与死神交易才能被命运的红线牵引与某人相遇。《《暗杀教室》》揭示了贪婪与欲望带来的毁灭性后果,搞笑治愈与ハードボイルドSF元素完美融合。