《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時間の輪廻における永遠の町中一段日常温馨的冒险。神に選ばれた平凡な高校生与守护世界树的神殿骑士因在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相相遇,随后在一次次失败中不断站起。在被误认为是预言中的救世主的过程中,他们面临呪いを解くために薬を探し回る的考验。被迫参加残酷的生存游戏的出现让一切急转直下,神に選ばれた平凡な高校生必须大切な人を蘇らせるために死神と取引する。最终過去の自分と和解することで成長する的结局,讲述了跨越时空的宿命之恋。