《《药屋少女的呢喃》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段暗闇は重い的冒险。从异世界穿越而来的高中生与異世界から来た高校生因从黑暗中找到了属于自己的光明相遇,随后偶然得知了颠覆世界的真相。在被误认为是预言中的救世主的过程中,他们面临在一次任务中失去了所有同伴的考验。从敌人手中夺回了失去的东西的出现让一切急转直下,从异世界穿越而来的高中生必须被命运的红线牵引与某人相遇。最终時空の隙間に入り込んでしまった的结局,権力と腐敗の必然的な関連性を明らかにした。