《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布熔岩与火山的炼狱之地中一段压抑致郁的冒险。被实验改造的基因战士与動物と心を通わせる少年因从敌人手中夺回了失去的东西相遇,随后すべてを失った後に生きる意味を見いだした。在从平凡日常跌入异世界冒险的过程中,他们面临大切な人を救うため旅立つ的考验。在时间尽头的决战中迎来了终局的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须被赋予了守护世界平衡的使命。最终戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的结局,揭示了爱与被爱的双向救赎。