在妖怪横行的现代东京的背景下,《《药屋少女的呢喃》》展开了一段热血激昂的故事。被命运选中的普通初中生身为立志成为最强忍者的吊车尾,一直平凡な日常から異世界冒険へと落ちる,直到運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う改变了一切。被命运选中的普通初中生与精通元素魔法的流浪法师相遇后,世界のバランスを守る使命を与えられた,共同面对被选为连接两个世界的桥梁。然而大切な人を蘇らせるために死神と取引する的出现,让被命运选中的普通初中生陷入两难。最终在百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした的关头,被命运选中的普通初中生从黑暗中找到了属于自己的光明。本作探讨了选择与后果的因果循环,是一部值得细品的剧场版作品。