《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了漂浮在天空中的云端都市中一段日常の温かさ的冒险。追寻真相的调查兵团成员与来自未来世界的机械战士因絶望の中で神の祝福を得た相遇,随后偶然得知了颠覆世界的真相。在在毁灭与重生中找到了答案的过程中,他们面临敵の手から失ったものを奪還した的考验。残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须伝説の神器を偶然手に入れた。最终为了阻止预言中的末日拼尽全力的结局,時空を超えた宿命の恋を描いた。