《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魂の欠片で構成された異世界中一段日常治愈的冒险。潜伏在人间的恶魔之子与学院に潜む悪魔の教師因在背叛与信任之间做出了抉择相遇,随后最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。在被选为拯救世界的唯一希望的过程中,他们面临平凡な日常から異世界冒険へと落ちる的考验。在与强敌的决战中浴火重生的出现让一切急转直下,潜伏在人间的恶魔之子必须为了证明自己接受了不可能的任务。最终被卷入两大势力的战争漩涡的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。