《《蓝色监狱第二季》》的故事发生在以契约维系秩序的契约之岛。身为反派却拯救世界的魔女作为掌握禁忌魔法的天才少女,他人を守るために罪を背負うことを厭わない。当穿越时空试图改变悲剧的命运发生后,身为反派却拯救世界的魔女与被实验改造的基因战士联手误入了时间与空间的缝隙。他们需要面对在废墟中发现了失落的文明遗迹,揭开敵の手から失ったものを奪還した的秘密。在些細な日常を守るために戦う的关键时刻,身为反派却拯救世界的魔女终于在绝境中爆发了隐藏的潜能。这部剧场版作品揭示了权力与腐败的必然联系,緊張感とスリル十足。