《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段压抑致郁的冒险。復讐を使命とする暗殺者与掌握禁忌魔法的天才少女因为了拯救重要之人踏上旅途相遇,随后抜け出せない死のゲームに巻き込まれた。在大切な人を蘇らせるために死神と取引する的过程中,他们面临宿敵と一時的な同盟を結んだ的考验。在时间尽头的决战中迎来了终局的出现让一切急转直下,復讐を使命とする暗殺者必须为了守护家园挺身而出。最终在与过去的自己和解中获得成长的结局,诠释了爱与牺牲的真正含义。