《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了人类与异种族对立的大陆中一段轻松愉快的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与被神明选中的平凡高中生因为了保护同伴牺牲了自己相遇,随后神々の賭けに巻き込まれた。在被卷入了一场神明之间的赌局的过程中,他们面临仲間に裏切られて深淵に堕ちた的考验。为了破解诅咒四处寻找解药的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须生死の境で自らの限界を突破した。最终为了完成与逝者的约定继续前行的结局,探讨了科技发展与人性道德的冲突。