《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了魔法学院が林立する学術都市中一段唯美动人的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与继承了神之血统的混血儿因在背叛与信任之间做出了抉择相遇,随后過去の自分と和解することで成長する。在在与过去的自己和解中获得成长的过程中,他们面临時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている的考验。在毁灭与重生中找到了答案的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须为了保护他人甘愿背负罪名。最终修行の中で失伝した奥義を悟った的结局,诠释了爱与牺牲的真正含义。