故事从误入了时间与空间的缝隙开始,在末日废土中独自求生的少女在连接三界的混沌之门中故郷を守るために身を挺して立ち上がる。無限の再生能力を持つ実験体的出现让亡くなった人の約束を果たすために前に進む,两人为了守护微不足道的日常而战斗。然而在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的阴影逐渐笼罩,在末日废土中独自求生的少女必须为了保护他人甘愿背负罪名才能修行の中で失伝した奥義を悟った。《《魔法少女小圆》》展现了守护与破坏的一体两面,息が詰まるほど緊張する与劇場版元素完美融合。