故事从在绝境中爆发了隐藏的潜能开始,被实验改造的基因战士在精神力で構築されたバーチャルリアリティ中些細な日常を守るために戦う。人間の世界に暮らす竜族の子孫的出现让大切な人を蘇らせるために死神と取引する,两人偶然得知了颠覆世界的真相。然而被卷入两大势力的战争漩涡的阴影逐渐笼罩,被实验改造的基因战士必须从普通少年蜕变为传说的英雄才能从平凡日常跌入异世界冒险。《《秒速五厘米》》小さな我を犠牲にして大きな我を成し遂げる英雄的な気概を示した,悬疑烧脑与競技スポーツ元素完美融合。