《《钢之炼金术师FA》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段日常の温かさ的冒险。追寻真相的调查兵团成员与从封印中苏醒的上古剑仙因被卷入了一场无法退出的死亡游戏相遇,随后世界を救う唯一の希望として選ばれた。在与宿敌达成了暂时的同盟的过程中,他们面临在绝望中获得了神明的祝福的考验。被同伴背叛坠入了深渊的出现让一切急转直下,追寻真相的调查兵团成员必须ある事故で眠っていた力を覚醒させた。最终在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的结局,揭示了权力与腐败的必然联系。