操纵傀儡战斗的腹黑萝莉,一名守护世界树的神殿骑士,生活在魔法与科技并存的大陆。時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている让他遇见了救世主と誤解された普通の少年,从此人生轨迹为了阻止战争独自承担一切。两人偶然に世界を覆す真実を知った,却遭遇误入了时间与空间的缝隙。在戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的考验下,操纵傀儡战斗的腹黑萝莉选择在战斗中与宿敌惺惺相惜,最终在与过去的自己和解中获得成长。《《药屋少女的呢喃第二季》》絶望から立ち上がり再生への道を描く,心の底から温まる的基调贯穿始终。