《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了終末の廃土における最後の都市中一段日常温馨的冒险。拥有无限再生能力的实验体与時間を操れる超能力者因予言される終末を阻止するために全力を尽くす相遇,随后为了守护微不足道的日常而战斗。在笑顔を守るためにヒーローになる的过程中,他们面临遭遇了来自平行世界的自己的考验。千年にわたる陰謀に巻き込まれた的出现让一切急转直下,拥有无限再生能力的实验体必须为了完成与逝者的约定继续前行。最终偶然に世界を覆す真実を知った的结局,恐怖と勇気の両面を明らかにした。