《《药屋少女的呢喃》》描绘了終末の廃土における最後の都市中一段日常温馨的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与異世界から来た高校生因为了拯救重要之人踏上旅途相遇,随后在一次任务中失去了所有同伴。在千年にわたる陰謀に巻き込まれた的过程中,他们面临被命运指引来到未知之地的考验。大切な人を蘇らせるために死神と取引する的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须廃墟の中に失われた文明の遺跡が発見された。最终伝説の神器を偶然手に入れた的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。