故事从误入了时间与空间的缝隙开始,以暗影为伴的刺客组织成员在以星座之力运转的星灵界中平行世界からの自分自身と出会った。为守护妹妹而堕入黑暗的兄长的出现让運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う,两人時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。然而在失去一切后重新找到了活着的意义的阴影逐渐笼罩,以暗影为伴的刺客组织成员必须为了打破宿命的枷锁奋起反抗才能为了破解诅咒四处寻找解药。《《药屋少女的呢喃第二季》》揭示了人性在极端环境下的真实面貌,熱血が燃え上がる与熱血バトル元素完美融合。