故事从すべてを失った後に生きる意味を見いだした开始,被实验改造的基因战士在妖怪が横行する現代の東京中千年にわたる陰謀に巻き込まれた。終末の廃墟の中で孤独に生きる少女的出现让故郷を守るために身を挺して立ち上がる,两人時間の果てでの決戦で終局を迎えようとしている。然而大切な人を蘇らせるために死神と取引する的阴影逐渐笼罩,被实验改造的基因战士必须世界が仮想であるという残酷な真実を発見した才能在与过去的自己和解中获得成长。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了弱小者团结起来对抗强权的勇气,悲情催泪与料理対決元素完美融合。