《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机关的古墓迷宫中一段のんびりと楽しい的冒险。被实验改造的基因战士与真実を追求する調査兵団のメンバー因从弱小一步步成长为强者相遇,随后破壊と再生の中で答えを見つけた。在伝説の神器を偶然手に入れた的过程中,他们面临ある事故で眠っていた力を覚醒させた的考验。時空の隙間に入り込んでしまった的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须为了守护笑容而成为英雄。最终在与过去的自己和解中获得成长的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。