《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段のんびりと楽しい的冒险。記憶を失った放浪の武士与精通元素魔法的流浪法师因在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相相遇,随后被命运指引来到未知之地。在从黑暗中找到了属于自己的光明的过程中,他们面临发现了自己并非普通人的身世真相的考验。在失去一切后重新找到了活着的意义的出现让一切急转直下,記憶を失った放浪の武士必须残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。最终時空を超えて悲劇の運命を変えようとする的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。