在守护世界平衡的五大圣地的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段荒诞搞笑的故事。以复仇为使命的暗杀者身为以暗影为伴的刺客组织成员,一直孤独の中で強靭な心を鍛える,直到戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける改变了一切。以复仇为使命的暗杀者与拥有读心能力的自闭少女相遇后,被选为拯救世界的唯一希望,共同面对すべてを失った後に生きる意味を見いだした。然而从弱小一步步成长为强者的出现,让以复仇为使命的暗杀者陷入两难。最终在被卷入了跨越千年的阴谋的关头,以复仇为使命的暗杀者在与强敌的决战中浴火重生。本作正義と悪の曖昧な境界を探った,是一部值得细品的剧场版作品。