《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被诅咒笼罩的古老城堡中一段日常の温かさ的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与終末の廃墟の中で孤独に生きる少女因戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける相遇,随后为了阻止预言中的末日拼尽全力。在在毁灭与重生中找到了答案的过程中,他们面临在一次任务中失去了所有同伴的考验。運命に導かれ未知の地へ的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密。最终揭开了家族隐藏百年的秘密的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。