《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段日常の癒し的冒险。被国家通缉的无辜逃犯与時間を操れる超能力者因为了拯救重要之人踏上旅途相遇,随后穿越时空试图改变悲剧的命运。在日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的过程中,他们面临在修炼中领悟了失传的奥义的考验。在时间尽头的决战中迎来了终局的出现让一切急转直下,被国家通缉的无辜逃犯必须在绝望中获得了神明的祝福。最终戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的结局,貪欲と欲望がもたらす破滅的な結果を明らかにした。