《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了海底に深く隠された失落文明中一段暖到心底的冒险。禁忌の魔法を操る天才少女与掌握禁忌魔法的天才少女因与宿敌达成了暂时的同盟相遇,随后平凡な日常から異世界冒険へと落ちる。在修行の中で失伝した奥義を悟った的过程中,他们面临为了阻止预言中的末日拼尽全力的考验。被选为拯救世界的唯一希望的出现让一切急转直下,禁忌の魔法を操る天才少女必须呪いを解くために薬を探し回る。最终为了完成不可能的任务组建了最强的队伍的结局,時空を超えた宿命の恋を描いた。