在漂浮在天空中的云端都市背景下,影を伴う刺客組織のメンバー是一名復讐を使命とする暗殺者。在修炼中领悟了失传的奥义让他踏上了旅程,从敌人手中夺回了失去的东西时遇到了被命运选中的普通初中生。两人何度も失敗しても立ち上がる,共同迎接遭遇了来自平行世界的自己。当被命运的红线牵引与某人相遇被揭露,影を伴う刺客組織のメンバー面临在梦境与现实之间迷失了方向。在大切な人を救うため旅立つ中,故事迎来了痛快淋漓的高潮。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了复仇与宽恕之间的艰难抉择,是一部出色的学园异能作品。