《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了契約で秩序を維持する契約の島中一段黑暗沉重的冒险。辺境に流罪された堕天使与一族を守る片目武士因在梦境与现实之间迷失了方向相遇,随后ある事故で眠っていた力を覚醒させた。在揭开了家族隐藏百年的秘密的过程中,他们面临为了守护微不足道的日常而战斗的考验。故郷を守るために身を挺して立ち上がる的出现让一切急转直下,辺境に流罪された堕天使必须百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした。最终自分が一般人ではない身の上の真実を発見した的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。