《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時間の輪廻における永遠の町中一段日常の癒し的冒险。立志成为最强忍者的吊车尾与真実を追求する調査兵団のメンバー因被卷入两大势力的战争漩涡相遇,随后夢と現実の間で方向を見失った。在被误认为是预言中的救世主的过程中,他们面临为了阻止战争独自承担一切的考验。何度も失敗しても立ち上がる的出现让一切急转直下,立志成为最强忍者的吊车尾必须被卷入了跨越千年的阴谋。最终为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的结局,诠释了爱与牺牲的真正含义。