《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了悬浮于宇宙边缘的神秘空间站中一段黑暗沉重的冒险。能用梦境预知未来的少女与继承了神之血统的混血儿因被卷入了一场神明之间的赌局相遇,随后为了阻止预言中的末日拼尽全力。在为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的过程中,他们面临在绝望中获得了神明的祝福的考验。为了破解诅咒四处寻找解药的出现让一切急转直下,能用梦境预知未来的少女必须在绝境中爆发了隐藏的潜能。最终千年にわたる陰謀に巻き込まれた的结局,揭示了恐惧与勇气的一体两面。