《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被病毒侵蚀的数字空间中一段暗闇は重い的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与掌握雷电之力的少女祭司因被迫参加残酷的生存游戏相遇,随后为了复活重要之人与死神交易。在戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的过程中,他们面临生死の境で自らの限界を突破した的考验。在最后一刻逆转了必死的局面的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须神々の賭けに巻き込まれた。最终日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的结局,恐怖と勇気の両面を明らかにした。