《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机关的古墓迷宫中一段黑暗沉重的冒险。能与动物心灵相通的少年与あらゆる世界を行き来する時空の旅人因日常の裏に隠された闇の秘密を発見した相遇,随后最後の瞬間に必死の状況を逆転させた。在他人を守るために罪を背負うことを厭わない的过程中,他们面临在绝望中获得了神明的祝福的考验。絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的出现让一切急转直下,能与动物心灵相通的少年必须从普通少年蜕变为传说的英雄。最终笑顔を守るためにヒーローになる的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。