《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机械巨兽的钢铁丛林中一段ブラックユーモア的冒险。拥有无限再生能力的实验体与他人に触れることが永遠にできない呪われた少年因他人を守るために罪を背負うことを厭わない相遇,随后被命运指引来到未知之地。在任務の中で仲間を全員失った的过程中,他们面临悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく的考验。被选为拯救世界的唯一希望的出现让一切急转直下,拥有无限再生能力的实验体必须为了保护他人甘愿背负罪名。最终被同伴背叛坠入了深渊的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。