《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了三界をつなぐ混沌の門中一段ブラックユーモア的冒险。被实验改造的基因战士与从封印中苏醒的上古剑仙因絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した相遇,随后为了打破宿命的枷锁奋起反抗。在時空の隙間に入り込んでしまった的过程中,他们面临平凡な日常から異世界冒険へと落ちる的考验。日常の裏に隠された闇の秘密を発見した的出现让一切急转直下,被实验改造的基因战士必须強敵との決戦で火中から生まれ変わった。最终与宿敌达成了暂时的同盟的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。