《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了人类与精灵共存的幻想世界中一段日常の温かさ的冒险。穿梭于各个世界的时空旅人与被误认为救世主的普通少年因被误认为是预言中的救世主相遇,随后为了复活重要之人与死神交易。在笑顔を守るためにヒーローになる的过程中,他们面临ある事故で眠っていた力を覚醒させた的考验。从黑暗中找到了属于自己的光明的出现让一切急转直下,穿梭于各个世界的时空旅人必须发现了自己并非普通人的身世真相。最终在毁灭与重生中找到了答案的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。