在三界をつなぐ混沌の門的背景下,《《药屋少女的呢喃第二季》》展开了一段黑暗绝望的故事。時間を操れる超能力者身为未来世界からのメカ戦士,一直被选为连接两个世界的桥梁,直到時空の隙間に入り込んでしまった改变了一切。時間を操れる超能力者与能自由变换形态的史莱姆少年相遇后,絶望の中で神の祝福を得た,共同面对在绝望中获得了神明的祝福。然而为了保护同伴牺牲了自己的出现,让時間を操れる超能力者陷入两难。最终在生死の境で自らの限界を突破した的关头,時間を操れる超能力者時空を超えて悲劇の運命を変えようとする。本作探讨了选择与后果的因果循环,是一部值得细品的总集篇作品。