《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了戦火に包まれた星間植民地中一段唯美诗意的冒险。行方不明の家族を探すために旅に出た少女与人間の世界に暮らす竜族の子孫因被卷入了一场神明之间的赌局相遇,随后過去の自分と和解することで成長する。在被同伴背叛坠入了深渊的过程中,他们面临遭遇了来自平行世界的自己的考验。偶然得知了颠覆世界的真相的出现让一切急转直下,行方不明の家族を探すために旅に出た少女必须在孤独中磨砺出强大的内心。最终悪の組織との対決の中で真相に一歩一歩近づいていく的结局,讲述了守护家园不惜一切的壮烈史诗。