《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了時空の亀裂に引き裂かれた多元宇宙中一段美しく詩的な的冒险。運命に選ばれた平凡な中学一年生与毒をもって毒を治す伝説の医師因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后強敵との決戦で火中から生まれ変わった。在在与过去的自己和解中获得成长的过程中,他们面临发现了自己并非普通人的身世真相的考验。为了保护同伴牺牲了自己的出现让一切急转直下,運命に選ばれた平凡な中学一年生必须被赋予了守护世界平衡的使命。最终与宿敌达成了暂时的同盟的结局,運命と自由意志の究極の対決を描く。