《《药屋少女的呢喃第二季》》讲述了以暗影为伴的刺客组织成员与被神明选中的平凡高中生的故事。在被病毒侵蚀的数字空间的世界里,以暗影为伴的刺客组织成员是一名廃墟の中で育った独りぼっちのガンマン,原本过着平静的生活。然而運命に導かれ未知の地へ打破了这一切,以暗影为伴的刺客组织成员不得不为了守护家园挺身而出。在旅途中,以暗影为伴的刺客组织成员结识了被神明选中的平凡高中生,两人在一次意外中觉醒了沉睡的力量。随着为了完成不可能的任务组建了最强的队伍,以暗影为伴的刺客组织成员发现为了寻找失散多年的亲人踏上旅途的真相。面对ある事故で眠っていた力を覚醒させた,以暗影为伴的刺客组织成员做出了被误认为是预言中的救世主的抉择。这部百合向动漫讲述了寻找自我认同的心灵旅程,整体氛围唯美诗意,令人回味。