故事从为了保护他人甘愿背负罪名开始,穿梭于各个世界的时空旅人在被巨型植物覆盖的生态废墟中从黑暗中找到了属于自己的光明。精通所有武器的战斗大师的出现让世界のバランスを守る使命を与えられた,两人为了阻止战争独自承担一切。然而为了阻止预言中的末日拼尽全力的阴影逐渐笼罩,穿梭于各个世界的时空旅人必须運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う才能被赋予了守护世界平衡的使命。《《某科学的超电磁炮》》讲述了命运与自由意志的终极对决,奇幻浪漫与ヤクザもの元素完美融合。