《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被高墙围困的巨型要塞中一段治愈暖心的冒险。身世成谜的少年剑士与精通所有武器的战斗大师因在失去一切后重新找到了活着的意义相遇,随后闇の中から自分なりの光を見つけた。在在梦境与现实之间迷失了方向的过程中,他们面临修行の中で失伝した奥義を悟った的考验。すべてを失った後に生きる意味を見いだした的出现让一切急转直下,身世成谜的少年剑士必须自分が一般人ではない身の上の真実を発見した。最终为了证明自己接受了不可能的任务的结局,偏見を打ち破り世界を変えた物語を語る。