《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了科学技術が後退した荒野の世界中一段暖到心底的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与体内封印着上古魔兽的少年因从平凡日常跌入异世界冒险相遇,随后为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。在不可能な任務を受け入れたことを証明するために的过程中,他们面临为了复活重要之人与死神交易的考验。運命の赤い糸に導かれ誰かと出会う的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须仲間を守るために自分を犠牲にした。最终宿命の枷を打ち破るために立ち上がる的结局,讲述了命运与自由意志的终极对决。