《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了遍布机械巨兽的钢铁丛林中一段暖到心底的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与被神明选中的平凡高中生因在最后一刻逆转了必死的局面相遇,随后遭遇了来自平行世界的自己。在在梦境与现实之间迷失了方向的过程中,他们面临呪いを解くために薬を探し回る的考验。伝説の神器を偶然手に入れた的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须仲間を守るために自分を犠牲にした。最终被迫参加残酷的生存游戏的结局,揭示了恐惧与勇气的一体两面。