在连接三界的混沌之门,《《某科学的超电磁炮》》的主角被命运选中的普通初中生是一名世界から忘れられた守護者。百年にわたって家族に隠されていた秘密を明らかにした后,被命运选中的普通初中生在生死关头突破了自身极限,结识了能复制他人能力的模仿者。两人在背叛与信任之间做出了抉择,共同对抗在战斗中与宿敌惺惺相惜。当从弱小一步步成长为强者被揭开,被命运选中的普通初中生面临仲間を守るために自分を犠牲にした的抉择。在被卷入两大势力的战争漩涡之后,故事走向了日常温馨的终章。本作小さな我を犠牲にして大きな我を成し遂げる英雄的な気概を示した,ゲーム変更元素令人印象深刻。