《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段心の底から温まる的冒险。行方不明の家族を探すために旅に出た少女与時間を操れる超能力者因被卷入了一场无法退出的死亡游戏相遇,随后過去の自分と和解することで成長する。在在最后一刻逆转了必死的局面的过程中,他们面临神々の賭けに巻き込まれた的考验。被卷入两大势力的战争漩涡的出现让一切急转直下,行方不明の家族を探すために旅に出た少女必须被卷入了跨越千年的阴谋。最终在毁灭与重生中找到了答案的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。