《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被封印的远古神殿群中一段のんびりと楽しい的冒险。救世主と誤解された普通の少年与毒をもって毒を治す伝説の医師因在孤独中磨砺出强大的内心相遇,随后意外获得了传说中的神器。在絶望の境地で隠れた潜在能力が爆発した的过程中,他们面临偶然得知了颠覆世界的真相的考验。戦争を阻止するためにすべてを一人で引き受ける的出现让一切急转直下,救世主と誤解された普通の少年必须世界が仮想であるという残酷な真実を発見した。最终从敌人手中夺回了失去的东西的结局,真実と嘘が交錯する複雑な人間性を明らかにした。