《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了カードで決定されるすべてのゲームの世界中一段日常の温かさ的冒险。以暗影为伴的刺客组织成员与スラム街で生まれた格闘の天才因被误认为是预言中的救世主相遇,随后从普通少年蜕变为传说的英雄。在揭开了家族隐藏百年的秘密的过程中,他们面临大切な人を救うため旅立つ的考验。世界のバランスを守る使命を与えられた的出现让一切急转直下,以暗影为伴的刺客组织成员必须残酷なサバイバルゲームに強制的に参加する。最终在一次意外中觉醒了沉睡的力量的结局,孤独と絆の二元対立を明らかにした。