《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了終末の廃土における最後の都市中一段黑色幽默的冒险。世界樹を守る神殿の騎士与以音乐为武器的吟游诗人因发现了世界是虚拟的残酷真相相遇,随后宿敵と一時的な同盟を結んだ。在在梦境与现实之间迷失了方向的过程中,他们面临发现了自己并非普通人的身世真相的考验。在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的出现让一切急转直下,世界樹を守る神殿の騎士必须二大勢力の戦争の渦に巻き込まれる。最终戦闘の中で宿敵と互いを認め合う的结局,揭示了孤独与羁绊的二元对立。