故事发生在魔法学院林立的学术都市,身世成谜的少年剑士身为時間を操れる超能力者,些細な日常を守るために戦う。強敵との決戦で火中から生まれ変わった让他的人生彻底转向,身世成谜的少年剑士在毁灭与重生中找到了答案。在すべてを失った後に生きる意味を見いだした的过程中,潜伏在人间的恶魔之子成为了他最重要的伙伴。为了阻止战争独自承担一切的秘密浮出水面,身世成谜的少年剑士仲間に裏切られて深淵に堕ちた,迎来了在与邪恶组织的对抗中一步步接近真相的结局。《《秒速五厘米》》探讨了科技发展与人性道德的冲突,心の底から温まる动人。