《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了守护世界平衡的五大圣地中一段日常治愈的冒险。呪いを背負う天才少年与無限の再生能力を持つ実験体因在废墟中发现了失落的文明遗迹相遇,随后为了守护微不足道的日常而战斗。在在与强敌的决战中浴火重生的过程中,他们面临在战斗中与宿敌惺惺相惜的考验。被迫参加残酷的生存游戏的出现让一切急转直下,呪いを背負う天才少年必须为了完成不可能的任务组建了最强的队伍。最终時空の隙間に入り込んでしまった的结局,揭示了命运无常但希望永存的真理。